Isla Contoy es el refugio de aves marinas más importante en el Mar Caribe Mexicano, albergando más de 150 especies de aves migratorias, residentes y ocasionales.

Durante el invierno y la primavera se concentran más de 10 000 aves que encuentran zonas de anidación y descanso abundantes en alimento. Las colonias reproductivas más numerosas son las de especies como la Fragata magnífica (Fregata magnificens), el Cormorán de doble cresta (Phalacrocorax auritus) y el Pelícano café (Pelecanus occidentalis), siendo esta última la más grande e importante de la costa Atlántica de México.

Entre las numerosas aves que se pueden observar en Contoy sobresalen también el Pájaro Bobo (Sula leucogaster), los Flamencos americanos (Phoenicopterus ruber), la Garza blanca (Ardea alba), las Golondrina de mar (Sterna anaethetus),  los Playeritos (Charadrius wilsonia), la Espátula rosada (Ajaia ajaja), el Candelerito (Himantopus mexicanus), el Ibis blanco (Eudocimus albus), el Ostrero americano (Haemantopus palliatus), la Garza melenuda (Egretta rufences), la Garcita azul (Egretta coerulea).