Los inicios de asentamientos humanos descubiertos en  Isla Contoy se remontan a  los Pescadores Mayas del Post-clásico (889-1697 D.C.) que visitaban la isla para pescar.  

La palabra Contoy tiene dos posibles orígenes: de los vocablos mayas Kom (bajo o rehollado) y To´oy (abrigo) términos relacionados con las aguas bajas aledañas a la Isla que brindaban  refugio a los marinos; o del vocablo Pontó que en Maya significa Pelícano.

 Isla Contoy es el Área Natural Protegida más antigua de Quintana Roo, decretada el 19 de Enero de 1961 como Zona de Reserva Natural y Refugio de Fauna.

 El 29 de Octubre de 1986 fue declarada como Zona de Protección para la Tortuga Marina puesto que a sus aguas llegan a desovar tres especies importantes y en peligro de extinción (Blanca, Carey y Caguama).

 El 2 de Febrero de 1998, el Área fue re- categorizada como Parque Nacional, ampliando el decreto original al incrementarse la protección y conservación de la porción marina a 5 128 hectáreas.

 Isla Contoy está deshabitada y es administrada por la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), dependiente de la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT).