Isla Contoy alberga 98 especies de flora que conforman los tipos de vegetación de la isla: duna costera, selva baja caducifolia, palmar de coco y manglar. 

El mangle rojo (Rhizophora mangle), mangle negro (Avicennia germinans), el mangle botoncillo (Conocarpus erectus) y el mangle blanco (Laguncunaria racimosa) son las especies más representativas que cubren más del 70% de la superficie de la Isla y proveen zonas de descanso y anidación a una gran diversidad de aves. 

Entre las especies más comunes de observar en el Parque Nacional encontramos al Icaco (Chrysobalanus icaco), la Cereza tinta (Scaevola plumieri), la Lavanda de mar (Tournefortia gnaphalodes), el Siricote de playa (Cordia sebestena), la Palma chit (Thrinax radiata), el lirio araña (Himenocallis sp.), la Uva de mar (Coccolaba uvifera), así como el chacá (Bursera simaruba).