El Parque Nacional Isla Contoy se encuentra en el estado de Quintana Roo, en los límites del Golfo de México y el Mar Caribe, aproximadamente a 32 kilómetros al norte de Isla Mujeres y 50 kilómetros al norte de Cancún. 

La isla se encuentra ubicada a los 21°27’40” y 21°32’10” de latitud norte y 86°46’40” y 86°47’50” de longitud oeste. Tiene una extensión de 5 mil 128 hectáreas, mide 8.75 kilómetros de largo y de 20 a 700 metros de ancho, su superficie terrestre abarca 230 hectáreas y una porción marina de 4 900 hectáreas, es casi plana con algunas dunas costeras que no rebasan los 12 metros de altura y 7 lagunas en su interior que le dan parte de su esplendor ya que son importantes áreas de nutrición, refugio y crianza de un cientos de especies. 

Al sur de Isla Contoy se encuentra el arrecife Ixlaché que marca el inicio de la Segunda Barrera Arrecifal más larga del mundo: El Gran Arrecife Mesoamericano.  

Isla Contoy se encuentra en una zona de transición donde se mezclan las aguas frías del Golfo de México y las cálidas del Mar Caribe, lo que favorece la abundancia de nutrientes, de peces y  para aves.