El Parque Nacional Isla Contoy alberga 14 especies de reptiles. La isla se considera como el último refugio virgen del Caribe para la anidación de tres especies de tortugas marinas en peligro de extinción, que arriban a sus playas para anidar y desovar: la Tortuga Blanca (Chelonia mydas), la Carey (Eretmochelys imbricata) y la Caguama (Caretta caretta).

Entre otros reptiles terrestres habitantes de la isla encontramos también la Iguana Rayada (Ctenosaura similis), la Boa (Boa constrictor), la Culebra de antifaz (Conophis lineatus), las lagartijas metálicas (Cnemidophorus sp.), el Gecko de estrellas (Aristelliger georgeensis), la Cuija besucona (Hemidactylus sp.).